
شباهت ژنتیکی با انسان بر پایه پژوهشهای دانشمندان دانشکده پزشکی دانشگاه ایالتی وین در دیترویت آمریکا، انسان و شامپانزه ۹۹٫۴٪ شباهت ژنتیکی دارند. این شباهت به اندازهای است که باید شامپانزه را در رده هومو یعنی ردهای که انسان به آن تعلق دارد قرار داد. شباهت انسان و شامپانزه به اندازه شباهت اسب و الاغ است. با این حال دیگر دانشمندان شباهت ژنتیکی شامپانزه و انسان را ۹۵٪ میدانند و آن در گروه هومو نمیگذارند.
شمپانزه همانند گوریلها، اورانگوتانها و انسان، عضوی از خانوادهٔ انسانساییان هستند. شامپانزهها حدود ۶ میلیون سال پیش از فرگشت انسان جدا شدهاند، و اکنون دو گونه شامپانزههای موجود نزدیکترین خویشاوندان زندهٔ انسان هستند.دو گونهٔ شامپانزه معمولی و بونوبو (شامپانزهٔ کوتوله) نزدیک به ۱ میلیون سال پیش از هم جدا شدهاند. انسان و شامپانره نزدیکترین خویشاوندان ژنتیکی (با حدود ۱٫۲ درصد تفاوت DNA) میباشند.
بنابر مطالعات انجام شده به روی تفاوتهای ژنتیکی میان انسانها و نزدیکترین انواع زنده آنها که شامپازهها هستند، عامل اصلی بوجودآورنده این تفاوت میان انسانها و شامپازهها در درون سر آنها است. به نوشته روزنامهی ایندیپیندنت چاپ لندن، اگرچه DNA انسانها و شامپانزهها 9807 درصد با هم شباهت دارند، لیکن دانشمندان دریافتهاند که تفاوتهای فاحشی میان عملکرد این ژنها در مغز این دو گونه وجود دارد.